МУИС-ийн номын сан 400 гаруй мянган номын фондтой, 25 гаруй мянган оюутан байнга үйлчлүүлдэг Монгол Улсын томоохон номын сангийн нэг юм. Тус номын сангийн хувьд дэлхийн шилдэг их, дээд сургуулиудын номын сангийн жишигт хүрэхийн тулд энэ жилээс хэдэн хэдэн өөрчлөлт хийжээ. Үүний нэг алхам нь чөлөөт сонголттой номын санд шилжиж байгаа юм. Одоогийн байдлаар Байгалийн ухааны тэнхим, Гадаад харилцааны тэнхим, Нийгмийн ухааны тэнхимийн номын сангууд чөлөөт сонголттой болжээ. Тус сургуулийн номын сангийн хувьд уламжлалт буюу номын санч оюутны хэлсэн номыг өгдөг байсан бол чөлөөт сонголттой болсноор тухайн оюутан тус тэнхимд байх номын фондноос өөрөө үзэх, харч сонголтоо хийх боломжтой болж байгаа юм. Байгалийн ухааны номын санч “Өнөөдрөөс чөлөөт сонголтой номын санд шилжиж байна. Оюутнуудын хувьд урьд багшийн хэлсэн 1-2 номын авдаг байсан бол чөлөөт сонголттой болсноор 2-3 ном авдаг болж байна” гэсэн юм.

Түүнчлэн МУИС анх удаа номын сангийн эрх зүйн орчинг боловсронгуй болгох үүднээс Номын сангийн журмыг шинээр боловсруулсан байна.